El Instituto de Farmacia de la Facultad de Ciencias de la Universidad Austral de Chile fue creado el año 2002. En sus primeros años de vida académica ocupó espacios del Instituto de Química en el antiguo Edificio Emilio Pugín, Instituto al cual estuvieron adscritos los primeros académicos, contratados para desarrollar el ciclo profesional de la carrera de Química y Farmacia.