Fue creado en 1957 por el fundador y primer Rector de la UACh, Dr. Eduardo Morales Miranda, quién se propuso la creación y desarrollo de uno de los mejores jardines botánicos del país. La parte ornamental fue diseñada y construida por la Sra. Kathy Taylor quien trabajó conjuntamente con el Sr. José Garrido, uno de los jardineros con más experiencia en la UACh”.

Para proteger el potencial ambiental, cultural y patrimonial que tiene el Jardín Botánico de la Universidad Austral de Chile, se creó en el 2003 el Comité de Manejo Sustentable del Jardín Botánico dependiente de la Comisión de Espacios Físicos UACh. Actualmente el Jardín Botánico de la UACh se encuentra en una etapa de modernización, dirigida por un plan marco de desarrollo (2012-2022) que tiene por objetivo transformarlo en un centro de investigación, educación y cultura, a fin de convertirlo como el primer Jardín Botánico complejo de Chile.