La estación representa también una ventaja comparativa para nuestros estudiantes de posgrado, ya que a diferencia de otros programas del país, su existencia les permite pasar mucho tiempo en terreno para realizar sus investigaciones, lo que brinda un sello particular a las mismas.

El predio de la estación tiene una superficie cercana a las 300 ha de bosque nativo muy bien conservado y que se mantiene intacto desde que fue donado a la Universidad por Don Adolfo Woerner a comienzos de la década del 70. Su vegetación está dominada por especies siempre verdes del bosque templado lluvioso como olivillo (Aextoxicon puctatum), tepa (Laureliopsis philippiana), ulmo (Eucriphia cordifolia), canelo (Drimis winteri) y avellano (Gevuina avellana). En algunas zonas del predio abunda el roble (Nothofagus oblicua), especie caducifolia que aquí representa uno de los remanentes mejor conservados en su zona de distribución geográfica sur, con ejemplares de más de 35 metros de altura y cerca de un metro y medio de diámetro. En toda el área de la estación destaca la abundancia de plantas trepadoras como canelilla (Hydrangea serratifolia), voqui colorado (Cissus striata), pilpilvoqui (Campsidium valdivianum), medallita (Sarmienta rapens), copihue (Lapageria rosea) y botellita (Mitraria coccinea).

Entre la fauna del predio se encuentran especies emblemáticas como el pudú (Pudu pudu), que es el ciervo más pequeño del mundo, el monito del monte (Dromiciops gliroides) y el zorro gris (Pseudalopex griseus). Entre las aves se encuentra el carpintero negro (Campephilus magellanicus), cachañas (Enicognathus ferrugineus minor), torcazas (Columba araucana) y picaflores (Sephanoides sephaniodes), a la vez que entre los anfibios destaca la ranita de darwin (Rhinoderma darwini) y entre los gastrópodos, el caracol negro (Macrocyclis peruvianus).

Por colindar con el humedal del Río Cruces, santuario de la naturaleza e investigación científica Carlos Anwandter, la estación experimental San Martín posee características particulares que permiten desarrollar investigaciones asociadas a ecosistemas acuáticos continentales. Además, en el predio existen varias zonas de hualve (áreas bajas de inundación con cubierta boscosa)  facilitando la investigación en estos sistemas particulares dominados por especies de mirtáceas como el arrayán (Luma apiculata), la luma (Amomyrtus luma), el melí (Amomyrtus meli), la pitra (Myrceugenia exsucca) y el temu (Blepharocalyx cruckshanksii).

La estación cuenta con un refugio y dos pequeños laboratorios, está completamente libre de fauna doméstica y ganado, lo que permite desarrollar actividades de investigación en un ambiente libre de la actividad antrópica y por periodos prolongados. Si bien está al servicio de los investigadores de la Universidad Austral de Chile, la estación recibe frecuentemente científicos y estudiantes de todo el mundo.