Dr. José J. Nuñez
Profesor Asociado
Teléfono:+ 56(63)2221483
E-mail: jjnunez@uach.cl/ jjnunezn@gmail.com
Licenciado en Bioquímica, Universidad Austral de Chile (1996).
Bioquímico, Universidad Austral de Chile (1996).
Doctor en Ciencias mención Zoología, Universidad Austral de Chile (2004).
Diplomado en Filosofía de la Ciencia mención Filosofía de los Sistemas Complejos (2019) y Biología (2020), Instituto de Filosofía y Ciencias de la Complejidad.
Cursos
Pregrado: Zoología (ICML106), Sistemática Molecular (ICML217), Filosofía de la Ciencia (ICML218), Fundamentos de Biología (ICML035), Seminarios de Investigación, Tesis.
Postgrado: Sistemática Molecular (ICML320), Sistemática Molecular Avanzada (ICML402), Seminarios Bibliográficos y de Investigación, Tesis.
Laboratorio de Ciencias Sistémicas Evolutivas (Laboratory of Evolutionary Systems Sciences, LESS)
En nuestra línea de investigación promovemos el conocimiento transdisciplinar sobre la organización jerárquica de la vida, la relevancia evolutiva de las simbiosis microbianas y los fundamentos filosóficos de la individualidad y la emergencia en biología. Utilizamos tecnologías de secuenciación de alto rendimiento y herramientas bioinformáticas que permitan estudiar la complejidad de la vida más allá de los paradigmas tradicionales centrados en los organismos. Este enfoque contribuye a debates de larga data en la ontología biológica sobre la naturaleza y los criterios de individualidad, agencia y emergencia en los sistemas vivos. Específicamente, analizamos la arquitectura genómica y metatranscriptómica de la anémona de mar Anthopleura hermaphroditica y su simbionte dinoflagelado Philozoon anthopleurum con el objetivo de identificar las vías genéticas responsables de la holobiosis y la integración funcional.
En docencia, consideramos la educación como un sistema complejo e interrelacionado, reconociendo a estudiantes, docentes y otros elementos del entorno educativo como un todo coherente y dinámico. Nos basamos en principios del pensamiento sistémico, que busca superar visiones reduccionistas y fragmentadas para abordar la educación desde una perspectiva global, integral y equilibrada, considerando la interacción constante entre todos los actores y elementos que influyen en el proceso educativo. Enfatizamos la necesidad de miradas amplias y contextualizadas de la ciencia y la universidad, con una atención particular a la Naturaleza, promoviendo un ambiente formativo más armónico y efectivo, que se adapte a la complejidad del mundo contemporáneo.
In our line of research, we promote transdisciplinary knowledge about the hierarchical organization of life, the evolutionary relevance of microbial symbioses, and the philosophical foundations of individuality and emergence in biology. We use high-throughput sequencing technologies and bioinformatics tools to study the complexity of life beyond traditional organism-centered paradigms. This approach contributes to long-standing debates in biological ontology about the nature and criteria of individuality, agency, and emergence in living systems. Specifically, we analyze the genomic and metatranscriptomic architecture of the sea anemone Anthopleura hermaphroditica and its dinoflagellate symbiont Philozoon anthopleurum to identifying the genetic pathways responsible for holobiosis and functional integration.
In teaching, we view education as a complex and interrelated system, recognizing students, teachers, and other elements of the educational environment as a coherent and dynamic whole. We are based on the principles of systems thinking, which seeks to overcome reductionist and fragmented views to approach education from a global, comprehensive, and balanced perspective, considering the constant interaction between all actors and elements that influence the educational process. We emphasize the need for broad and contextualized perspectives of science and academia, with particular attention to nature, promoting a more harmonious and effective educational environment that adapts to the complexity of the contemporary world.
Proyecto Asociado: Fondecyt Regular 1251835 (2025-2028)
Laboratorio de Crianza para la Conservación de Anfibios (Breeding Laboratory for Amphibian Conservation)
Nuestro laboratorio se encuentra en el Centro de Humedales, camino a Cabo Blanco Alto. Corresponde a un espacio destinado a la reproducción y cuidado ex situ de anfibios en condiciones controladas, con el objetivo principal de conservar especies vulnerables o en peligro de extinción mediante la cría en cautiverio y la estabilización de poblaciones. Tenemos también como objetivo la educación y divulgación sobre la importancia de conservar anfibios y sensibilización ambiental, por lo que se puede visitar cualquier época del año, previo aviso a personal del Centro de Humedales. Nos enfocamos en especies amenazadas de la Región de Los Ríos, con protocolos para la captura, cuarentena, alimentación, y reproducción que garanticen la salud de los individuos. Posee equipamiento adecuado como acuarios, terrarios y sistemas para controlar variables ambientales. Investigadores y estudiantes trabajan en biología del desarrollo y de la conservación desarrollando además técnicas de reproducción asistida, así como actividades complementarias de investigación para métodos reproductivos y producción de alimento vivo para los anfibios.
Our laboratory is located at the Wetlands Center (CEHUM), on the road to Cabo Blanco Alto. This space is dedicated to the ex situ reproduction and care of amphibians under controlled conditions, with the primary objective of conserving vulnerable or endangered species through captive breeding and population stabilization. We also aim to educate and disseminate information on the importance of amphibian conservation and environmental awareness. Therefore, visits are open year-round, subject to advance notice to the Wetlands Center staff. We focus on endangered species in the Los Ríos Region, with protocols for capture, quarantine, feeding, and reproduction that ensure the health of individuals. It has adequate equipment, such as aquariums, terrariums, and systems for monitoring environmental variables. Researchers and students work in developmental and conservation biology, also developing assisted reproduction techniques, as well as complementary research activities on reproductive methods and live food production for amphibians.
Proyecto Asociado: Genome sequencing of a Gondwana relic in Patagonia. Morris Animal Foundation y Revive & Restore https://reviverestore.org/genomics-help-identify-threats-and-guide-recovery-strategies-for-chilean-false-toads/.
Publicaciones (últimos 10 años)
Angulo, F.E., Pedrero-Pacheco R., Nuñez, J.J. (2025) The complete mitochondrial genome of Stromateus stellatus (Scombriformes: Stromateidae): organization, gene arrangement, and phylogenetic position within the suborder Stromateoidei. Genes. doi: 10.3390/genes16111256.
Oyarzún, P. A., Díaz, S., Rodríguez, S. M., Ruiz-Tagle, G., Nuñez, J. J., & Toro, J. E. (2025). Occurrence of Intersex in the Marine Mussel Perumytilus purpuratus (Mollusca: Bivalvia): Does Gonadal Parasitism Play a Role? Biology, 14(1), 70. https://doi.org/10.3390/biology14010070
Oyarzún, P.A.; Toro, J.E.; Nuñez, J.J.; Ruiz-Tagle, G.; Gardner, J.P.A. (2024) The Mediterranean Mussel Mytilus galloprovincialis (Mollusca: Bivalvia) in Chile: Distribution and Genetic Structure of a Recently Introduced Invasive Marine Species. Animals, 14, 823. https://doi.org/10.3390/ani14060823
Briones, C.; Nuñez, J.J.; Pérez, M.; Garrido, O.; Campos, B.; Godoy, K.; Hartley, R.; Oyarzún, P.A.; Guiñez, R. (2024) Linking Acrosome Size and Genetic Divergence in an Inter-Oceanic Mussel from the Pacific and Atlantic Coasts: A Case of Incipient Speciation? Animals, 14, 674. https://doi.org/10.3390/ani14050674
Suárez-Villota, E.Y., Quercia, C.A., Díaz Camacho, L.M., Valenzuela, J., Nuñez, JJ. (2023) Mink invasion in Chiloé Island, Chile: population genetics and Leptospira spp. detection in Neovison vison. Mammalian Research 68, 521–531. https://doi.org/10.1007/s13364-023-00700-7
Grosso, J., Barrasso, D.A., Baldo, D., Nuñez, J.J., and Vera Candioti, F. (2022) Developmental diversity in an endemic family of Patagonian frogs (Anura: Batrachylidae), Biological Journal of the Linnean Society, 136, 240-263, https://doi.org/10.1093/biolinnean/blac032
Oyarzún, P.A., Toro, J.E., Nuñez, JJ., Suárez-Villota, E.Y. & Gardner, J.P.A. (2021) Blue mussels of the Mytilus edulis species complex from South America: The application of species delimitation models to DNA sequence variation. PLos One, 16(9):e0256961
Suárez-Villota, E.Y., Trovatti, E., Contreras, F.A., and Nuñez, JJ. (2021). Characterisation of a skin secretion with adhesive properties in the ground frog Eupsophus vertebralis (Alsodidae). Herpetozoa 34, 169–173.
Nuñez JJ, Suárez-Villota EY, Quercia CA, Olivares AP, Sites Jr JW. (2020). Phylogeographic analysis and species distribution modelling of the wood frog Batrachyla leptopus (Batrachylidae) reveal interglacial diversification in south western Patagonia. PeerJ 8:e9980 http://doi.org/10.7717/peerj.9980.
Oyarzún PA, Nuñez JJ, Toro JE and Gardner JPA (2020) Trioecy in the Marine Mussel Semimytilus algosus (Mollusca, Bivalvia): Stable Sex Ratios Across 22 Degrees of a Latitudinal Gradient. Frontiers in Marine Sciences. 7:348. doi: 10.3389/fmars.2020.00348.
Quercia CA, Suárez-Villota EY, Foresti F, Nuñez JJ (2020) Comparative cytogenetics of the ground frogs Eupsophus emiliopugini Formas, 1989 and E. vertebralis Grandison, 1961 (Alsodidae) with comments on their inter-and intraspecific chromosome differentiation. Comparative Cytogenetics 14(1): 61–74. https://doi.org/10.3897/ CompCytogen.v14i1.46852
Kueneman JG, Bletz MC, McKenzie VJ, Becker CG, Joseph MB, Abarca JG, Archer H, Arellano AL, Bataille A, Becker M, Belden LK, Crottini A, Geffers R, Haddad CFB, Harris RN, Holden WM, Hughey M, Jarek M, Kearns PJ, Kerby JL, Kielgast J, Kurabayashi A, Longo AV, Loudon A, Medina D, Nuñez JJ, Perl RGB, Pinto-Tomás A, Rabemananjara FCE, Rebollar EA, Rodríguez A, Rollins-Smith L, Stevenson R, Tebbe CC, Vargas Asensio G, Waldman B, Walke JB, Whitfield SM, Zamudio KR, Zúñiga Chaves I, Woodhams DC, Vences M. (2019). Community richness of amphibian skin bacteria correlates with bioclimate at the global scale. Nature Ecol Evol. 3(3):381-389. doi: 10.1038/s41559-019-0798-1.
Suárez-Villota E.Y., Quercia C.A., Díaz L.M., Vera-Sovier V.A. Nuñez J.J. (2018) Speciation in a biodiversity hotspot: phylogenetic relationships, species delimitation, and divergence times of Patagonian ground frogs of the Eupsophus roseus group (Alsodidae). PLoS ONE 13(12): e0204968. DOI: 10.1371/journal.pone.0204968.
González, M.T., Z. López, J.J. Nuñez, K.I. Calderón-Mayo, C. Ramírez, D. Morgades, H. Katz, M. George-Nascimento and H. Pavés (2018) Morphometrical and molecular evidence suggests cryptic diversity among hookworms (Nematoda: Uncinaria) that parasitize pinnipeds from the south-eastern Pacific coasts. Journal of Helminthology. Journal of Helminthology 1–9. doi.org/10.1017/S0022149X18000950.
Briones, C., J. J. Nuñez, M. Pérez, D, Espinoza-Rojas, C. Molina-Quiroz and R. Guiñez (2018). De novo male gonad transcriptome draft for the marine mussel Perumytilus purpuratus with a focus on its reproductive-related proteins. Journal of Genomics. 6: 127-132.
Suarez-Villota, E.Y., C. A. Quercia and J. J. Nuñez (2018). Mitochondrial genomes of the South American frogs Eupsophus vertebralis and E. emiliopugini (Neobatrachia: Alsodidae) and their phylogenetic relationships. Journal of Genomics 6: 98-102.
Suárez-Villota, Elkin Y. Camila A. Quercia, J. J. Nuñez, Milton H. Gallardo, Christopher M. Himes, and G. J. Kenagy. (2018). Monotypic status of the South American relictual marsupial Dromiciops gliroides (Microbiotheria). Journal of Mammalogy, Volume 99, Issue 4, 13 August 2018, Pages 803–812.
González, N., Jorge Ruiz, Soledad Puente and J. J. Nuñez (2018). On the status of red-eared slider, Trachemys scripta elegans (Wied, 1838) (Testudines, Emydidae) with evidences of its reproduction in the wild, Chile. Biodiversity International Journal 2(3): 292‒295.
Díaz, L, Correa, V. A. and J. J. Nuñez (2018). Molecular evidences of hybridization between Serinus canaria domestica (L., 1758) and Spinus barbatus (Molina, 1782) (Aves: Fringillidae). Boletín de la Real Sociedad Española de Historia Natural, 112 (1).
Martínez, D., R. Oyarzún, C. Vargas-Lagos, J.P. Pontigo, M. Soto-Dávila, J. Saravia, A. Romero, J.J. Nuñez, A.J. Yáñez, and L. Vargas-Chacoff (2017). Identification, characterization and modulation of ferritin-H in the sub-Antarctic Notothenioid Eleginops maclovinus challenged with Piscirickettsia salmonis. Developmental and Comparative Immunology 73: 88e96.
Parada, D. E., D. Fenolio, A.P. Olivares J. J. Nuñez (2017) Insuetophrynus acarpicus Barrio, 1970 (Anura: Rhinodermatidae): new distribution record at the edge of the Valdivian coastal range, southern Chile. CheckList 13(1): 2034.
Grau, J., Nuñez, J.J. Plötner, J., and Poustka, A. (2015). The complete mitochondrial genome of Telmatobufo australis (Amphibia: Anura: Calyptocephalellidae). Mitochondrial DNA. DOI: 10.3109/19401736.2015.1053082.c
Estudiantes de Pregrado (2026)
Anaia Soto (Biología)
Felipe Molina (Biología)
Karla Milanca (Biología)
Andrea Alarcón (Biología)
Antonio Torres (Ingeniería en Conservación de Recursos Naturales)
Sofía Cárcamo (Biología)
Camila Bustos (Biología Marina)
Estudiantes de Postgrado
Camila Quercia, Magister en Ciencias mención Genética (2019). Graduada
Jorge Machuca, Magister en Ciencias mención Recursos Hídricos (2020). Graduado
Damián Hernández, Magister en Ciencias mención Genética (2022). Graduado
Millaray Aranda, Magister en Ciencias mención Genética (2025)
Manuel Vargas, Doctorado en Biología Marina (2025)
Investigadores Postdoctorales
Dra. Carolina Briones (2015-2017)
Dr. Elkin Suarez (2016- 2018)
Dr. Pablo Oyarzún (2017-2019)
Dra. Jimena Grosso (2020- 2023)
Dr. Richard Cadenillas (2021-2024)
© Todos los derechos reservados